Stacja Międzyrzecz od samego początku nie leżała na żadnej magistrali, ale na linii drugorzędnej na terenie Wielkopolski(Wielkie Księstwo Poznańskie). Pierwsza budowa linii Międzyrzeckiej (Międzyrzecz-Zbąszyń) nastąpiło na podstawie Ustawy Pruskiej z 8 marca 1880 roku, określającą budowę linii bocznych. Kapitał budowy na takich typu linii pochodził w większości z funduszu narodowego państwa pruskiego. Wracając jednak do konkretów, pierwsza linii kolejowa w Wielkopolsce w oparciu o powyższą ustawę była linia Zbąszyń-Międzyrzecz. Decyzję o budowy tej linii zapadła 21 maja 1883 roku. Głównym powodem budowy tej linii były chęci zwiększenia przewozów drewna i zboża z okolic Międzyrzecza do takich miast jak Berlin czy Poznań. Linię oddano do użytku 1 czerwca 1885 roku. W Zbąszyniu powstał "peron Międzyrzecki" zakończony obrotnicą. Oprócz toru osobowego przebiegał jeszcze towarowy, a między towarowym i osobowym tor do oblotu składu. Międzyrzecz stacją węzłową stał się 1 grudnia 1887 roku po wybudowaniu linii do Wierzbna (Międzychodu). 1 maja 1892 roku Międzyrzecz miał już połączenie z Sulęcinem, który wcześniej, bo już w 1890 miał połączenie z Rzepinem. Ostatecznie węzeł Międzyrzecz ukształtował się w roku 1896, kiedy to została poprowadzona linia do Skwierzyny, a następnie 1 grudnia linia została przedłużona do Gorzowa Wlkp.. W tym okresie został rozbudowany dworzec Międzyrzecki, dobudowano magazyn z dworcem i 3 perony osobowe. Powstała też 16 stanowiskowa parowozownia wachlarzowa z 15 metrową obrotnicą, zasieki węglowe, 2 wieże wodne i 2 żurawie (jeden z żurawia można obecnie zobaczyć przy peronie pierwszym w Gorzowie). 1 sierpnia 1909 roku otwarto linię do Toporowa, która służyła głównie do transportu drewna i węgla. Wówczas w Toporowie istniała jednostanowiskowa parowozownia i wieża ciśnień.

Obecnie Międzyrzecz jest małym węzłem osobowym ,gdzie krzyżują się dwie linie osobowe, Zbąszynek-Gorzów Wlkp. i Międzyrzecz-Rzepin. Na tych trasach kursuje „szynobus lubuski”. Ruch towarowy ogranicza się do 1-2 par pociągów.