Między VI w., a VIII w. powstaje gród między dwoma rzekami: Obrą i Paklicą. Następnie w drugiej połowie IX wieku założenie na miejscu osady grodu warownego. W roku 1001 Bolesław Chrobry ufundował trzem misjonarzom erem Benedyktów. Mnisi giną 10 listopada 1003 roku i w ten sposób zostali nazwani pierwszymi męczennikami Polski. 

        W roku 1248 Międzyrzecz uzyskał prawa miejskie na podstawie prawa niemieckiego. W 1474 miasto zostały zniszczone przez wojska Macieja Korwina, króla Węgier i Czech. Następnie w latach 1520-1574 Międzyrzecz został odbudowany po najeździe niemieckim ruszającym na pomoc krzyżakom. Następnie w tym samym roku, co miasto zostało odbudowane, przejeżdża przez nie wybrany na króla Henryk Walezy. W latach 1603-1731 miasto dwa razy nawiedził wielki pożar oraz nastąpiło zniszczenie miasta przez wojska niemieckie, rosyjskie i szwedzkie. Miasto zalała wielka zaraza. 

W latach 1780-1806 nastąpiło przeciwieństwo ostatnich wydarzeń. Międzyrzecz w tym okresie stał się jednym z ważniejszych centrum europejskich handlu suknem. 

        Po II rozbiorze polskim, Międzyrzecz znalazł się na terenie Prus, przynależąc tym samym do prowincji  Großherzogtum Posen. W dniach 26-27 listopada 1806 roku w Międzyrzeczu przebywał cesarz Francji, Napoleon Bonaparte. Miał  być zastrzelony na rynku przez pewnego patriotę niemieckiego, który wszedł z karabinem na szczyt wieży ratuszowej. Kiedy próbował go zastrzelić, zauważył, jak duże są wojska francuskie. Musiał więc zrezygnować ze swego planu i w ten sposób nie zastrzelił Bonapartego.
 

1 maja 1885 roku otworzono linię kolejową do Zbąszynia, która miała połączenie z magistralą Poznańsko-Marchijską. Po 1945 roku Międzyrzecz wrócił w granice Polski.